На данный момент они существуют двух типов:
- Для слота №1 (слот для DS картриджей)
- Для слота №2 (слот для GBA картриджей)
И у тех, и у других есть плюсы и минусы. Рассмотрим их.
Слот-1 флешки:
[+] Легко использовать (вставил и играй, никаких перепрошивок!)
[+] На некоторых флешках игру даже не надо предварительно патчить
[+] Без проблем работает спящий режим
[+] Можно использовать модули расширения в GBA слот (вибратор, например)
[-] Нельзя играть в GBA игры

Слот-2 флешки:
[+] Можно играть в GBA игры
[-] Нужно патчить игры
[-] Если в DS слоте ничего нет, спящий режим работать не будет, вместо этого DS будет трещать
[-] Нельзя использовать модули расширения в GBA слот
[-] Чтобы запустить NDS игру с GBA слота, нужны дополнительные манипуляции, просто так ничего не запустится (см. ниже)

Думаю, тут довольно просто сделать выбор. Если Вы не сможете жить без GBA игр, берите слот-2 флешку, иначе смело берите слот-1.
Помимо этого флешки делятся по типу памяти:
- С несъёмной встроенной памятью
- С расширяемой за счёт флеш-карточек памятью
Тут выбор тоже довольно просто сделать. Если не хотите покупать дополнительную память, берите со встроенной. Но если у Вас завалялась кучка CF/SD/MiniSD/MicroSD, то лучше купить с расширяемой.